Elurikkuse (akadeemiliste) andmekogude arendus

Tegevuse jagunemine alltegevusteks ja nende sisu:

3.1 Elurikkuse andmestiku kogumise ja analüüsi meetodite arendamine

3.1.1 Ökosüsteemide elurikkuse andmebaasi struktuuri väljatöötamine
3.1.2 Ökosüsteemide elurikkuse andmebaasi rakendamine ning analüüs
3.1.3 Maastikulise andmestiku kogumise ja analüüsi meetodite arendamine

3.2 Andmete (ruumilise) visualiseerimise arendamine

3.2.1 Visualiseerimise võimaluste analüüs
3.2.2 Liidese prototüüpide loomine
3.2.3 Liidese rakendamine erinevates andmekogudes

3.3 Ruumianalüüsi meetodite rakendus PlutoF pilve andmebaasidele
3.4 Andmete kasutatavuse arendus klassifitseerimisülesannetes

3.4.1 Klassifitseerimisülesannete lahendus PlutoF pilve andmebaasidele
3.4.2 Klassifitseerimisülesannete lahenduste väljatöötamine
ökosüsteemide elurikkuse andmebaasile
3.4.3 Kõrge loodus- ja maastikuväärtuste alade määratlemine


EcoBank

EcoBank on meta-andmeid sisaldav andmebaas elurikkuse määramiseks võetud keskkonnaproovide säilitamiseks, töötlemiseks ja analüüsimiseks. Andmebaas kasutab kategoriseeriva ühikuna ökosüsteeme ning keskseks kirjeks andmebaasis on proov. Iga proov peab olema unikaalse nimetusega, vastasel juhul kirjutatakse olemasoleva proovi nimetus üle. Andmebaasisüsteemis on juba eelnevalt lisatud otsingusüsteem proovide kohta, et kontrollida, kas uuele proovile pandud proovikood on unikaalne või peab seda muutma. Kui andmeid sisestavad mitmed inimesed, siis on viimati lisatud proovide alt lihtne näha, kes mida juba teinud on. See aitab vältida andmete dubleerimist.

Proovidele seatakse vastavusse hulk koha, tüübi ja looduslike eripärade kirjeldusi, mille abil saab teha edasisi analüüse, kontrolle ja päringuid.

Andmebaasisüsteem võimaldab Exceli- või tekstifaili abil bioloogide koostatud andmestike üleslaadimist. Exceli tabelite kasuks räägib asjaolu, et paljud andmed on dubleerivad ja tabelitöötlusprogrammis on korduvaid ridu tunduvalt lihtsam genereerida, kui läbi veebiliidese üksikuid kirjeid lisada. Samu tabeleid on võimalik andmebaasist välja eksportida, et saaks teha muudatusi ilma kasutajaliidest kasutamata või kui pole teatud ajaperioodidel ligipääsu Internetiühendusele. Hiljem on võimalik muudetud andmestik parandatud andmetega uuesti üles lasta. Samuti on võimalik kustutada olemasolevaid andmeid, vigaseid andmeid uuesti üle kirjutada või muuta andmestikku läbi veebiliidese.

Kõik proovid, mis andmebaasisüsteemi on lisatud, on nähtavad nii avaliku kui ka sisekasutamiseks mõeldud liidestel. Teatud andmed jäävad varjatuks avaliku liidese suhtes, kuna nad ei oma piisavalt tähendust kolmandatele osapooltele, vaid ainult proovi korjanud inimesele. See võimaldab vähendada liiklust, päringute tegemise kiirus suureneb ja serverit ei koormata ilmaasjata. Näiteks ei ole vaja anda välja kogutud proovide DNA eraldamise informatsiooni: millal need tehtud on, kes need läbi viis, kuhu eraldatud DNA saadeti ja muud informatsiooni, mis on vajalik ainult proovide töötlemiseks ja protsessi jälgimiseks. Lisaks pole vaja kolmandatel osapooltel saada kätte DNA järjestusi, sest järjestuste päringu tegemine ning allalaadimine on väga töömahukas serverile ning avaliku liidese kasutajatel on lihtne server ülekoormata.

Avalikud päringud annavad informatsiooni liigirikkuse kohta AM (Arbuskulaarse mükoriisa) seente osas Eestis erinevate tunnuste alusel: geograafilised koordinaadid, ökosüsteemi tüübi, peremeestaime ja kohanime järgi. Proovide asukohti saab näidata kaardil kasutades selleks vabavaralist lahendust (näiteks Google Maps). Lisaks saab antud punkte grupeerida erinevate tunnuste järgi (riik, kontinent, koht, peremeestaime perekond, ökosüsteem jne). Andmebaasi edasi arendades võib tunnuseid juurde lisada.

Andmekogud ja viited:

e-Elurikkus
PlutoF